1959 Ankara doğdu. 1977 yıllında T.E.D. Ankara Koleji’nden mezun oldu. 1984 yıllında Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesinde mezun olduktan sonra, 1984-1986 yıllarında mecburi hizmetini tamamladı. Kardiyoloji uzmanlık eğitimini 1986-1992 tarihlerinde İstanbul Üniversitesi Kardiyoloji Enstitüsünde tamamladı. 1996 yılında Kardiyoloji Doçenti ve 2002 yılında da Profesörlük ünvanını aldı.
İstanbul Üniversitesi, Kardiyoloji Enstitüsünde 1994-1996 yılları arasında kardiyak kateterizasyon laboratuvarında, 1996 – Eylül 2002 tarihleri arasında Koroner Yoğun Bakım Ünitesi’nde sorumlu öğretim üyesi olarak görev yaptı. 2002-2006 yıllarında Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Kardiyoloji Anabilim Dalı’nda görev yaptı. 2007 yılından beri Başkent Üniversitesi, İstanbul Sağlık, Uygulama ve Araştırma Hastanesinde öğretim üyesi olarak görev yapmaktadır.
Dr. Seçkin Pehlivanoğlu, 1992 yılında TÜBİTAK “Yurt Dışı Doktora Sonrası Araştırma Burs Programından”, “Texas, Heart Institute Cullen Cardivascular Research Lab. (Houston-Texas)” da çalışmak üzere 1 yıl süre ile burs aldı ve aynı kurumda 1.5 yıl süre ile FDA denetiminde yürütülen “Transmyocardial Laser Revascularization” projesinin Faz II-III araştırmalarında araştırıcı uzman Dr. olarak görev yaptı.
Dr. Seçkin Pehlivanoğlu, Kocaeli Üniversitesi Kardiyoloji ABD bünyesinde kurulan “Kalp Kateterizasyonu – İnvazif tanı ve tedavi laboratuvarı”nın kuruluş ve eğitim çalışmalarını İstanbul Üniversitesinden görevlendirilmiş öğretim elemanı olarak, 1999-2002 öğrenim döneminde direktör olarak yürütmüştür.